当院の小児医療センターには、4つの移植病室(クラス100の無菌室2床と、クラス10000の準無菌個室2床)が設置されており、小児の血液専門医を中心とした移植担当チームが、血液疾患の治療のため同種造血細胞移植（骨髄移植、末梢血幹細胞移植、さい帯血移植）を行っています。

移植を行う際には、小児科・疼痛緩和ケア・歯科など多数科の医師、看護師、薬剤師、栄養士、保育士などの多種の医療スタッフが集まってカンファレンスを開き、治療方針を検討・共有しています。治療成績だけでなくお子さんたちに優しい生活の質（QOL）の向上もともなった、集学的な治療を目指しています。

移植の対象となる疾患は、悪性疾患（白血病、骨髄異形成症候群など)から良性疾患(再生不良性貧血、原発性免疫不全症候群など)までさまざまです。病型・病期・患者様の状態に合わせて、移植の適応・時期・移植ソース（ドナーが血縁か非血縁か。あるいは骨髄か、末梢血幹細胞か、さい帯血か）を選ぶことになります。

なお当科では、難治性白血病に対して、HLAが半分のみ一致した血縁間骨髄移植（HLA半合致移植）を積極的に行っています。現在のところ比較的良い成績が得られていますが、この治療法の評価は、まだ十分定まった段階ではありません。