代謝・内分泌外来は、小坂 喜太郎 客員教授、中島 久和 特任講師、森　潤　学内講師が担当しています。
肥満外来は予約制です。宮垣知史　助教が担当しています。

内分泌疾患は、下垂体性疾患（成長ホルモン分泌不全性低身長症、汎下垂体機能低下症、中枢性尿崩症など）、成長障害（ターナー症候群、軟骨異栄養症など）、甲状腺疾患（先天性甲状腺機能低下症、バセドウ病など）、副腎疾患（先天性副腎過形成、クッシング症候群など）、思春期早発症を含め生殖機能異常症など、幅広い領域を診療しています。成長ホルモンをはじめ、病態に合わせて多種にわたるホルモン補充治療が行うことができます。

先天性代謝異常は、アミノ酸代謝異常症（フェニルケトン尿症、メープルシロップ尿症）、尿素サイクル異常症、糖質代謝異常症（肝型糖原病、ガラクトース血症）、有機酸代謝異常症（メチルマロン酸血症、プロピオン酸血症など）、脂肪酸代謝異常症（極長鎖アシルCoA脱水素酵素欠損症、中鎖アシルCoA脱水素酵素欠損症など）の診断と治療を行っています。

ムコ多糖症・ファブリ―病をはじめとするライソゾーム病の酵素補充療法、Wilson病に対する栄養指導・薬物治療（キレート治療/亜鉛治療）、先天性高インスリン血症に対する栄養指導・薬物治療（ジアゾキサイド）など幅広い疾患に対応しています。

1型糖尿病では栄養指導、インスリン頻回注射法やインスリンポンプ (CSII)の指導を中心に診療を行っています。2型糖尿病では、栄養指導・運動指導にくわえ、薬物治療も行います。小児肥満については、日本肥満学会認定治療施設として認定登録されています。

京都府・京都市の新生児マススクリーニング事業の精査医療機関です。先天性甲状腺機能低下症、先天性副腎過形成、ガラクトース血症、フェニルケトン尿症・メープルシロップ尿症などのアミノ酸代謝異常症、有機酸代謝異常症、脂肪酸代謝異常症の早期発見・早期治療を担っています。